В указанном выше слове ударение следует ставить на слог с первой буквой Я — прогонЯются.
Код компилируется единым блоком, собирается одной системой сборки, и все модульные тесты прогоня́ются также сразу, для всего кода целиком.
— Иван Портянкин, Программирование Cloud Native. Микросервисы, Docker и Kubernetes
Вот что происходит: многочисленные версии рекламы прогоня́ются через алгоритмы, обученные на данных по пользовательскому поведению.
— Бернард Марр, Искусственный интеллект на практике, 2019
Об одной мысли говоришь себе: нет, это здесь не подходит, не относится сюда, о другой – это слишком бессмысленно, о третьей – это уж совсем второстепенно, и вскоре замечаешь, что при таких возражениях мысли задерживаются прежде, чем станут совершенно ясными, и наконец прогоня́ются.
— Зигмунд Фрейд, Большая книга психоанализа. Введение в психоанализ. Лекции. Три очерка по теории сексуальности. Я и Оно (сборник)
Как раны лечатся временем (лож), так дурные мысли прогоня́ются работой.
— Виктор Яиков, В поисках Тартарии: перстень Искандера