В данном слове ударение следует ставить на слог с последней буквой Е — протоиерЕя.
Он помнит, что его ждут (увы! – ждут, ибо знают, что от Ивана Ивановича нет спасенья) и живущий на даче в ожидании кассации, а затем отдаленного вояжа интендантский полковник Загреби, и почтенный старец, недавно вернувшийся из такого же вояжа и живущий на покое, бывший коммерции советник Поташилов, и семейство знакомого протоиере́я, отправившего своих чад и домочадцев в Новосаратовскую немецкую колонию, и товарищ его, Ивана Ивановича, по гимназии, художник, живущий в Лигове «на этюдах», питающийся колбасою, пивом, табаком и запахом хвойного леса и масляных красок.
— Всеволод Гаршин, Красный цветок
– Любимец протоиере́я, так ему ничего, – сказал он, вздохнув.
— Панас Мирный, Гулящая
– К пользе, владыко, несумнительно (глаза протоиере́я убежали, куда-то убежали, должно быть, к Петру Могиле на портрет).
— Даниил Мордовцев, Державный плотник
В самом деле: спасительное «наставление» Амвросия, «данное священникам, каким образом около зараженных, больных и умерших поступать», и вывешенное при входах в церковных, породило в народе нелепые толки и послужило завязкой к страшной кровавой драме, которой никто не мог предвидеть, никто, кроме разве протоиере́я Левшинова, который так хорошо знал старую Москву, Москву купеческую, сидельческую и народную, знал всю изнанку этой старой московской души...
— Даниил Мордовцев, Державный плотник
Я помню большой стол, покрытый зеленым сукном, каких-то незнакомых нам учителей и профессоров, какого-то важного протоиере́я.
— Чудо Рождественской ночи