В указанном выше слове ударение должно быть поставлено на слог с буквой И — клубенькИ.
На корнях у неё образуются многочисленные мелкие клубеньки́ (в них живут бактерии, которые усваивают молекулярный азот воздуха).
— Татьяна Ситникова, Секреты богатых урожаев, 2014
Бесполое размножение у одноклеточных водорослей осуществляется путём деления клетки, у колониальных, нитчатых и разнонитчатых — в результате распада колоний или нитей на отдельные фрагменты; у немногих водорослей образуются специальные органы размножения, например клубеньки́ у харовых, акинеты (особые клетки с большим количеством запасных веществ и пигментов) — у зелёных и др.
— Н. А. Лемеза, Альгология и микология. Практикум, 2008
К осени растения успевают образовать небольшие клубеньки́.
— Илья Мельников, Все разновидности комнатных растений (от А до Л), 2012
Если же эту обрезку провести преждевременно, то клубеньки́ не заберут все питательные вещества из стеблей и нормально не сформируются.
— Н. И. Даников, Целебные комнатные растения, 2013
Кустики надо осторожно подкопать лопатой и стряхнуть клубеньки́, которые убирают не сразу, затем их просевают, чтобы освободиться от песка и заложить на хранение в подвал или подпол.
— Иван Дубровин, Огород Нечерноземья