В таком слове ударения следует ставить на слог с буквой И и на слог со второй буквой А — хламИдомонАда.
Отлично, теперь внутри неё размножится хлорелла... Или того хуже — хлами́домона́да.
— Елена Вернер, Три косточки тамаринда, 2016
Хлами́домона́да — обширный род, объединяющий около 500 видов, широко распространён в природе.
— С. К. Пятунина, Ботаника. Систематика растений: учебное пособие, 2013
Хлами́домона́да имеет целлюлозно-пектиновую клеточную оболочку, чашевидный хроматофор с одним или несколькими пиреноидами, расположенными в нижней части, и светочувствительным глазком (стигмой) — в верхней части.
— С. К. Пятунина, Ботаника. Систематика растений: учебное пособие, 2013
Каждая хлами́домона́да потенциально может размножаться как вегетативно, так и бесполым путём, а также участвовать в половом процессе.
— С. К. Пятунина, Ботаника. Систематика растений: учебное пособие, 2013
Объекты: р. хлами́домона́да, р. вольвокс.
— С. К. Пятунина, Ботаника. Систематика растений: учебное пособие, 2013