В упомянутом выше слове ударение должно быть поставлено на слог с буквой Е — фонЕмы.
В этих случаях ребёнок достаточно чётко отличает дефектно произносимый им звук от всех других звуков, что говорит об усвоении им этого звука как фоне́мы (то есть обобщённого звука, играющего в языке смыслоразличительную роль).
— Людмила Парамонова, Логопедия для всех, 2009
Фоне́мы — отдельные слова, фразы.
— Е. В. Гейслер, Психиатрия: конспект лекций
Когда звуки выделены из речевого потока и стали достаточно определёнными, нужно перекодировать звуки на буквы, или, применяя принятые термины, фоне́мы на графемы.
— Коллектив авторов, Логопатопсихология, 2010
Ведь при нём нам нужно не только найти нужный звук и перекодировать его в букву, нужно ещё и разместить звуки слова (а теперь и буквы) в нужной последовательности иногда задерживая написание сильно звучащей фоне́мы и передвигая на начальный план запись предшествующих ей, хотя и более слабых звуков; нужно, наконец, обеспечить плавную систему тончайших меняющихся движений, в которой состоит двигательный акт письма.
— Коллектив авторов, Логопатопсихология, 2010
Фоне́мы как типовые звуки не являются в собственном смысле слова знаками, поскольку непосредственно не участвуют в формировании и передаче языковой информации.
— Коллектив авторов, Русский язык и культура речи, 2010