В данном слове ударение следует ставить на слог с последней буквой А — флажкАми.
За несколько лет до этого я помог Тану разработать систему знаков с двумя разноцветными флажка́ми, с их помощью можно было передать сообщение любому человеку, находящемуся в пределах видимости, скажем, с одного конца долины на другой, с одного холма на соседний или с городских стен на реку.
— Уилбур Смит, Божество реки
Крайне неприятно действуют и эти бесчисленные и порою довольно-таки нагловатые сборщики и сборщицы со своими флажка́ми и цветочками.
— Леонид Андреев, Сборник "Дневник Сатаны"
Карты висели на площадях, и красная нитка, поддерживаемая флажка́ми, проходила где—то между Курском и Харьковом, приближаясь к Москве.
— Вениамин Каверин, Два капитана
Ехали они все в вольной одежде, с красными флажка́ми на каждой подводе.
— Константин Седых, Даурия
Очевидно, слова были для него лишь пестрыми флажка́ми, мнемоническими символами, закреплявшими в памяти музыкальные ходы; иногда ему надоедало подбирать слова и слоги, – тогда, задержавшись на одном каком-нибудь le alliluja, он проводил его сквозь десятки интервалов, бессмысля слог ради иных заумных смыслов: эти упражнения Ноткера в области так называемого атексталиса особенно заинтересовали нашего исследователя; погоня за невмами Великого Заики завела его сначала в библиотеку Британского музея, потом в книгохранилище св.
— Сигизмунд Кржижановский, Клуб убийц Букв