В указанном выше слове ударение должно быть поставлено на слог с первой буквой А — флАгманы.
Напрасно младшие фла́гманы и командиры судов ломали голову над такими вопросами.
— Алексей Новиков-Прибой, Цусима
Не только командиры судов, но и младшие фла́гманы не избежали прозвищ, иногда остроумных, иногда похабных.
— Алексей Новиков-Прибой, Цусима
Потому что младшие фла́гманы не противодействовали командующему, а судовые командиры не осмеливались возражать младшим флагманам, а офицеры не могли ослушаться командиров, а кондукторы, боцманы, капралы и матросы просто были не в счет.
— Алексей Новиков-Прибой, Цусима
Не только командиры судов, но и младшие фла́гманы, контр-адмиралы не были заранее осведомлены о стратегической и тактической обстановке предстоящего боя.
— Алексей Новиков-Прибой, Цусима
Впоследствии выяснилось, что не только командиры судов, но даже младшие фла́гманы не знали, каким проливом поведет Рожественский эскадру.
— Алексей Новиков-Прибой, Цусима