В данном слове ударение следует ставить на слог с последней буквой О — физионОмию.
Иной мог сунуть физионо́мию в жерло пушки.
— Патрик О`Брайан, Командир и штурман
Полиевкт Харлампиевич закусил губу и окислил физионо́мию, однако — делать нечего — постарался скорчить улыбочку и, несолоно хлебавши, с сокрушенным вздохом вышел в смежную горницу.
— Всеволод Крестовский, Петербургские трущобы
Не дойдя два шага до беглецов, последний остановился и, пропуская их мимо себя, изумленно и взглядчиво всматривался в физионо́мию Гречки.
— Всеволод Крестовский, Петербургские трущобы
Петрушка сначала храбрится и, весело заглядывая в физионо́мию лежащего немца, говорит: «Немец-то притворился мертвым».
— Сборник, Скоморошины
А если ты несколько месяцев кряду видишь всего-навсего два-три человеческих лица, и то сквозь четырехугольник, прорезанный в двери, из-за приподнимающейся темной занавески, а лицо это – лицо часового или надсмотрщика, с пристальными глазами, – то к деревьям и тучам и даже придорожным верстам ты начинаешь относиться как к людям – каждое дерево имеет свою странную, неповторимую физионо́мию, иногда даже сочувственную тебе.
— Юрий Тынянов, Пушкин. Кюхля