В таком слове ударение следует ставить на слог с последней буквой Е — тысячелЕтиями.
– Древние компьютеры в недрах планеты отсчитывали секунды долгими тысячеле́тиями, и время тяжким грузом легло на их пропылившиеся базы данных.
— Дуглас Адамс, Путеводитель “Автостопом по Галактике”
Мы слезли с автобуса и пешком поднялись наверх, на пологий холм, тысячеле́тиями складывавшийся отложениями могучей Миссури, – по склонам его построена Омаха, – вышли за город и вытянули вперед большие пальцы.
— Джек Керуак, На дороге
Он должен был понять удачи природы, понять устойчивость ее созданий — почему чайка остается тысячеле́тиями чайкой, почему так важно разнообразие птиц, жуков.
— Даниил Гранин, Зубр. Бегство в Россию
Даже я, тысячеле́тиями не покидавшая дна, однажды, всплыв на замутненную поверхность, пристально оглядела оба берега: один, наш, мертвый, был из рыхлых пеплов, плоский и беззвучный.
— Сигизмунд Кржижановский, Тринадцатая категория рассудка
Потом Данилов увидел, что и всюду, на разных расстояниях от явившегося ему диска, расстояниях, измеряемых уже не миллиардами километров, а веками и тысячеле́тиями, висят, вращаются, плавают, копошатся другие диски, спирали, скопления светящихся и черных пылинок – планет и звезд.
— Владимир Орлов, Альтист Данилов