В данном слове ударение следует ставить на слог с последней буквой Е — тысячелЕтий.
С высоты тысячеле́тий смотрели на юношу пирамиды.
— Пауло Коэльо, Алхимик
Продвижение человечества в Глубокий Космос за одиннадцать тысячеле́тий, предшествовавших Джихаду Слуг, оставило совершенно особый отпечаток на религии.
— Фрэнк Герберт, Дюна
Нередко исчезали в руинах и под пылью тысячеле́тий целые островки высоких культур, обрывая цепочку исторического развития.
— Иван Ефремов, Час Быка
Понятие головы вылепилось десятком тысячеле́тий из пучка туманностей, и символом ее стала глухота.
— Осип Мандельштам, Век мой, зверь мой
Он не мог в своей стеклянной бактериоразводне делать то, что делал некогда Мендель с пыльцой, во-первых, потому, что сами бактерии были неизмеримо меньше пылинок пыльцы, во-вторых, скрещивание тут было бессильно по бесполости микроорганизмов; но у него было другое преимущество: бактерии, поселявшиеся, например, на так называемых перехватах Ранвье, наиболее утонченных частях нейрофибрилл, в течение суток давали приблизительно столько же поколений, сколько мировая история числила за человечеством на протяжении всей нашей эры; таким образом, обладая более, как выражался Нететти, компактным временем, экспериментатор мог, постепенно меняя термические и химические воздействия, добиться в мире бактерий тех результатов, какие при опытах, скажем, с прирученными животными потребовали бы тысячеле́тий.
— Сигизмунд Кржижановский, Тринадцатая категория рассудка