В данном слове ударение должно быть поставлено на слог с буквой А — трепыхАются.
Жутко смотреть, как они трепыха́ются в потемках, белые как простыни; у меня выросли крылья, я уже побаиваюсь, не вознесусь ли я на небо, в руках у меня словно два привязных аэростата.
— Эрих Ремарк, На Западном фронте без перемен
Только вдоль одного воскрайка неба, к северу, тянется неровная линия каких-то зловещих огней: не то горят разложенные костры, не то полоса пожаров растянулась от одного края горизонта до другого – то ярко вспыхнут и трепыха́ются огненные пасмы, то мигают во мраке отдельные огненные пятна и точки, словно глаза волка, в глухую ночь пробирающегося к овечьему загону.
— Даниил Мордовцев, Державный плотник
Промеж деревьев-то змейки золотенькие трепыха́ются, как пляшут.
— Павел Бажов, Сказки русских писателей
Шаль на голове, кудряшки волос трепыха́ются на ветру, и руки засунула в рукава полушубка.
— Алексей Черкасов, Конь Рыжий