В указанном выше слове ударение должно быть поставлено на слог с последней буквой А — трепанАцию.
Рекомендация: нужно сделать трепана́цию черепа и попробовать что-то там исправить.
— Ю. Г. Вилунас, Рыдающее дыхание предупреждает и излечивает болезни без лекарств, 2008
Там лежала женщина, которой сделали трепана́цию черепа.
— Константин Калашников, Из тьмы и сени смертной
Ведь учат врача, как производить трепана́цию черепа.
— А. С. Макаренко, Общение с трудными детьми
У части останков были распилены вдоль позвоночники, у других не было голов, третьим произвели трепана́цию черепной коробки, некоторые были похоронены вместе с катетерами, изготовленными из резины, в ступнях.
— А. В. Крючков, СССР vs Германия. В погоне за сверхоружием, 2010
Эти уникальные, необычные находки подтверждают то, что в далёкие времена было принято древними магами-хирургами искусно делать трепана́цию черепа.
— Георгий Науменко, Все тайны подсознания. Энциклопедия практической эзотерики, 2009