В таком слове ударение должно быть поставлено на слог с последней буквой И — синонимИя.
Синоними́я этого рода иногда вводит в язык словообразовательные дублеты или варианты слова, ср.
— Н. Д. Арутюнова, Проблемы морфологии и словообразования, 2007
Фразеологическая синоними́я не только сближается с лексической, но и отличается от неё.
— Е. В. Бегаева, Современный русский язык. Практическое пособие, 2005
Мы пришли к выводу, что ненависть — это вражда, а вражда — это ненависть, это слова-синонимы, а синоними́я понятий затрудняет понимание закона и, следовательно, предопределяет ошибки правоприменения.
— Коллектив авторов, Актуальные проблемы современного уголовного права и криминологии, 2013
Фразеологическая синоними́я богата и разнообразна.
— Е. В. Бегаева, Современный русский язык. Практическое пособие, 2005
Хотя горизонт и входит в один синонимический ряд с далью, но эта синоними́я далека от полноты.
— С. А. Лишаев, Эстетика пространства, 2015