В таком слове ударение должно быть поставлено на слог с третьей буквой О — протокОльная.
Проворот влево — остановка — проворот вправо — остановка — проворот влево... На лице его застыла протоко́льная улыбка номер три, нейтрально-благожелательная.
— Анна Китаева, Перстень без камня, 2012
Кажется, обычная протоко́льная речь: поздравляет с прибытием и тому подобное.
— В. Д. Михайлов, Методика Наюгиры, 1999
От всего комплекса документов сохранились лишь протоко́льная книга 1788 — 1812 гг.
— Коллектив авторов, Москва. История районов, 2014
Обязательным условием выполнения работы с микрообъектами при производстве следственных действий является протоко́льная фиксация.
— Коллектив авторов, Настольная книга следователя, 2008
Поэтому и порядок изложения не то чтобы хаотичен, а необязателен и прерывист: в нём сквозит протоко́льная добросовестность, но не проступает логика чередований, взаимоотношений, переходов.
— С. И. Великовский, Грани «несчастного сознания». Театр, проза, философская эссеистика, эстетика Альбера Камю, 2015