В указанном выше слове ударение следует ставить на слог с буквой И — протоколИрует.
Слоем ниже живёт «наблюдатель». Это такое бесстрастное существо, которое дотошно протоколи́рует всё происходящее и передаёт экспериментатору.
— Безумная Муза, Мужчина и женщина: подводная часть айсберга. Вся правда о гендерных стереотипах
Согласно регламента, пионерским собраниям такого уровня полагается председатель и секретарь: председатель объявляет чья очередь отчитываться, а секретарь протоколи́рует сколько макулатуры и металлолома было собрано отчитывающейся дружиной за отчётный период, какие в ней проведены культурные мероприятия и в каких общегородских соревнованиях какие места заняли её пионеры.
— Сергей Николаевич Огольцов, Хулиганский роман (в одном очень длинном письме про совсем краткую жизнь), 2018
Traffic Inspector не только контролирует весь поток данных через сетевые интерфейсы (напрямую, через NAT либо через прокси-сервер), но и создаёт (или подгружает из Active Directory) для каждого пользователя свою учётную запись, в которой скрупулёзно протоколи́рует всю его сетевую активность и позволяет затем генерировать ясные, пригодные для дальнейшего анализа отчёты.
— PC Magazine/RE, Журнал PC Magazine/RE №10/2011
– Хоть эта фраза и не может не развеселить, я пристально смотрю на его честь, а потом перевожу взгляд на секретаря, которая всё аккуратно протоколи́рует.
— Джон Гришэм, Вне правил, 2015
Иногда он даже не протоколи́рует показания.
— Роман Александрович Куликов, Ненасытные, 2015