В упомянутом выше слове ударение падает на слог с первой буквой И — протоколИровали.
Так как прилипалы старательно протоколи́ровали всё что и для кого делали.
— Хайдарали Усманов, Полукровка. Свалка, 2018
А потом поверили и протоколи́ровали уже то, во что верят.
— Дарья Калинина, Челюсти судьбы, 2010
Потом две недели кряду он моргал выгоревшими ресницами в продолговатом оконце шлема, включённого в сеть, и слушал рёв из микродинамиков – рёв на узких, будто отрезки ленты для снятия кардиограммы, бумажных полосках протоколи́ровали для башковитых спецов-акустиков волнистыми линиями быстрые самописцы – и сдавленно докладывал в миниатюрный микрофон похоже ли ревёт, не похоже.
— Александр Товбин, Приключения сомнамбулы. Том 1, 2009
Под щебетание канареек и равнодушные взгляды кроликов фаэтоновцы с азартом и стойкой преданностью своему делу решали актуальные проблемы уфологии, протоколи́ровали сообщения о местных «чудесах», пополняли свой уникальный архив фото- и видеоматериалами.
— Дмитрий Смирнов, Несекретные материалы
Пленных допрашивали командиры, весь разговор протоколи́ровали, а потом писали отчёт, кого допросили и кого уничтожили – писали шифром на такой маленькой бумажке.
— Алексей Ивашин, Я дрался за Украину