В данном слове ударение следует ставить на слог с последней буквой О — протокОлами.
Он ознакомился с протоко́лами ареста, приветливо поговорил с задержавшими нас полисменами, едва уловимым намеком приоткрыл вопрос о взятке и сразу же закрыл его, выяснив, что дело уже слишком далеко зашло и слишком многие в него посвящены; он дал подписку, что мы предстанем завтра в десять перед мировым судьей и увел нас с собою.
— Ивлин Во, Возвращение в Брайдсхед
Господин Мадлен продолжал сидеть у камина, с пером в руке, не поднимая глаз от папки с протоко́лами о нарушении правил распорядка на общественных дорогах, которую он просматривал, делая пометки.
— Виктор Гюго, Отверженные
Он таскал с собой огромный тяжелый портфель, набитый брошюрами, листовками, списками, протоко́лами заседаний.
— Даниил Гранин, Зубр. Бегство в Россию
На библиотечном столе картотека, последние номера газет и папки с протоко́лами.
— Сигизмунд Кржижановский, Тринадцатая категория рассудка
Самый форменный был суд, с дознанием, с протоко́лами.
— Александр Куприн, Париж интимный