В таком слове допускается ставить ударение либо на слог с буквой Е — подшкипЕр, либо на слог с буквой И — подшкИпер.
В эти несколько минут, которые казались нетерпеливым морякам наверху долгими часами, в подшкиперской каюте, заваленной парусами, тросами, блоками и разными другими принадлежностями судового запаса, подшки́пер с лихорадочною торопливостью искал новый, запасный фор-марсель.
Ни охры, ни сурика, ни черной краски подшки́пер, видимо, не пожалел, и вся свита Нептуна вымазалась даже более, чем следовало бы в интересах хотя бы отдаленного правдоподобия.
Ближайших начальников у него было только двое: шкипер-офицер из бывших боцманов да подшкипе́р, с которыми Исайка умел отлично ладить и задабривать их при случае.
Подшки́пер бросился в подшкиперскую и второпях указал прибежавшим матросам не на тот марсель, какой надо было взять, а на другой, еще требовавший починки.
Чайкин видел, как впереди прошли боцманы, два унтер-офицера и подшки́пер, как затем, разбившись по кучкам, проходили матросы, направляясь в салуны, и увидал, наконец, Кирюшкина, отставшего от других и озиравшего своими темными глазами толпу зевак, стоявшую на набережной у пристани.