В указанном выше слове ударение следует ставить на слог со второй буквой О — подкОрковыми.
Есть ещё одна мозговая система, взаимодействующая и с корой мозга, и с подко́рковыми узлами.
— К. К. Платонов, Занимательная психология, 1962
Вместе с нижними холмиками среднего мозга медиальные коленчатые тела являются подко́рковыми центрами слуха.
— Коллектив авторов, Оперативные доступы в нейрохирургии. Том 1. Голова, 2014
Латеральные коленчатые тела вместе с верхними холмиками и подушкой зрительного бугра являются подко́рковыми центрами зрения.
— Коллектив авторов, Оперативные доступы в нейрохирургии. Том 1. Голова, 2014
Вместе с передними ядрами таламуса они являются подко́рковыми центрами обоняния.
— Коллектив авторов, Оперативные доступы в нейрохирургии. Том 1. Голова, 2014
Ассоциативные центры — это участки коры полушарий большого мозга, не имеющие непосредственной связи с подко́рковыми образованиями, а связанные временной двусторонней связью с проекционными центрами.
— Коллектив авторов, Оперативные доступы в нейрохирургии. Том 1. Голова, 2014