В таком слове ударение должно быть поставлено на слог со второй буквой О — подкОрка.
Окончательно болевое ощущение складывается в коре, но каждый отдел, в том числе и подко́рка, вносят свою лепту, свои «оттенки» и «обертоны» в формирующееся чувство, которое становится всё более сложным и комплексным.
— И. И. Ульянова, Хроническая боль. Эффективные решения проблемы, 2010
По первому же сигналу моя заметно помолодевшая подко́рка, мой мозг, сосуды которого здорово очистились, выдаёт информацию любой давности.
— Валентина Травинка, Разыщи в себе радость, 2016
Как только ваша подко́рка (естественно, бессознательно) выдала его образ, он принимает ваш сигнал и спешит на «свидание»: то к кому-то из отдела подойдёт, то ему ваша начальница понадобилась, а то он выйдет вам навстречу, когда вы направились, скажем, в машбюро.
— Валентина Травинка, Разыщи в себе радость, 2016