В таком слове ударение должно быть поставлено на слог с последней буквой О — пневмокОкки.
Пневмоко́кки, как и многие другие бактерии, являются обычными обитателями полости рта и верхних дыхательных путей.
— Б. Б. Удальцов, Пневмония. Руководство, 2002
Этиологическими факторами развития острого гнойного тиреоидита могут являться стафилококки, стрептококки, пневмоко́кки и кишечная палочка.
— Эндокринология: конспект лекций
Острый диффузный гломерулонефрит возникает через 2 — 3 недели после перенесённой инфекции, так как стрептококки, пневмоко́кки и другие возбудители болезни в почках и моче не обнаруживаются.
— Е. Н. Белянская, Лечебное питание при болезнях почек, 2013
В частности, у вашего... пациента в смыве с лёгочной ткани были обнаружены пневмоко́кки, стафилококки, бактерии коли и прочие красавцы, совершенно точно указывающие на причину возникновения заболевания.
— М. С. Серова, Рецепт предательства, 2015
Следовательно, убитые капсульные пневмоко́кки содержали вещество, способное передать признак капсулообразования (вирулентности) живым пневмококкам.
— В. Б. Сбойчаков, Микробиология с основами эпидемиологии и методами микробиологических исследований, 2011