В таком слове ударение должно быть поставлено на слог с последней буквой Е — плейстоцЕна.
Период раннего плейстоце́на... жалко, оно было старое.
— Сергей Горлов, Царская рать, 2015
Зубов, исследование палеоамериканского типа даёт яркое доказательство единства человечества, имевшего общий прототип и общий корень для всех рас в конце плейстоце́на.
— Г. Г. Ершова, Древняя Америка: полет во времени и пространстве. Северная Америка. Южная Америка, 2002
Сонорские вилорогие антилопы — подвид маленьких, быстрых реликтов плейстоце́на, последние американские антилопы — балансируют на грани исчезновения в пустынных заповедниках неподалёку отсюда.
— Алан Вейсман, Земля без людей, 2012
Эпоха плейстоце́на отличается значительными климатическими колебаниями, сменой периодов оледенений (гляциалов) и потеплений (интергляциалов).
— А. Ю. Можайский, Археология, 2012
Когда-то давно, в начале плейстоце́на, в приполярных областях было теплее, что позволяло покрытосеменным расти там более буйно.
— Татьяна Данина, Биология (включая праноедение), 2013