В таком слове ударения падают на слог с первой буквой О и на слог со второй буквой Е — ОнтогенЕзе.
Во-первых, в о́нтогене́зе речь появляется позже произвольных движений, и именно механизм произвольности служит базой для возникновения речи, а не наоборот.
— Е. П. Ильин, Психология воли, 2009
Итак, первой в о́нтогене́зе возникает ситуативно-личностная форма общения, которая остаётся главной и единственной от 1 до 6 месяцев жизни.
— Елена Олеговна Смирнова, Общение дошкольников с взрослыми и сверстниками. Учебное пособие, 2012
При этом не все свойства темперамента проявляются сразу: в о́нтогене́зе происходит созревание темперамента.
— Альберт Налчаджян, Психика, сознание, самосознание, 2011
Закономерность можно обнаружить и в о́нтогене́зе организмов, а филогенетическим её результатом является многообразие живых существ.
— С. Н. Николаева, Система экологического воспитания дошкольников, 2011
Исследование становления интеллектуальной деятельности в индивидуальном о́нтогене́зе позволяет прояснить, как формируется пространство мышления, какую роль имеет в этом процессе взаимодействие ребёнка со взрослым, являющимся для него проводником в «мир интеллектуальной функции».
— Андрей Курпатов, Что такое мышление? Наброски, 2016