В таком слове ударение следует ставить на слог с первой буквой Я — одухотворЯется.
Религиозная жизнь по мере развития личности постепенно эволюционирует и одухотворя́ется, наполняясь нравственным содержанием.
— М. М. Рубинштейн, О смысле жизни. Труды по философии ценности, теории образования и университетскому вопросу. Том 1, 1927
Весь материальный процесс одухотворя́ется в мысли о конце, к которому он направлен.
— Е. Н. Трубецкой, Смысл жизни, 1914
Эта оболочка одухотворя́ется по мере того, как душа возвышается нравственно.
— Аллан Кардек, Бытие. Чудеса и предсказания по спиритизму
Однако любовь приобретает настоящий предмет для своего единения и свою настоящую чистоту только тогда, когда она одухотворя́ется в своём направлении и избрании, т.
— И. А. Ильин, О сопротивлении злу силой, 1925
Сам перисприт подвергается последовательным изменениям; он одухотворя́ется всё больше и больше до полного очищения, присущего чистым духам.
— Аллан Кардек, Евангелие в разъяснении спиритизма, 1865