В таком слове ударения следует ставить на слог с первой буквой О и на слог с буквой У — Обер-кондУктор.
Один о́бер-конду́ктор, мало того, что от жены у него трое ребят, ещё монашенку совратил (тоже пошла в монастырь из бедности), в своей квартире поселил и от неё двое уж, а в последствии времени нянька к нему поступила, так и тое!
— Г. И. Успенский, Мнения фельдшера Кузьмичова о современном обществе, 1884
Но о́бер-конду́ктор начал «усовещивать» пассажиров, т.
— И. И. Ясинский, Катря, 1883
В этой комнатке на подоконнике сидят о́бер-конду́ктор и машинист.
— А. П. Чехов, Холодная кровь, 1887
О́бер-конду́ктор уже получил с десяток жалоб от возмущённой публики: господам решительно негде было расписать пульку, а дамам — пообщаться тесной компанией.
— Кира Измайлова, Ведется следствие
О́бер-конду́ктор нашего, курьерского, поезда, заметив как-то в степи огонёк, двигавшийся из стороны в сторону, догадался, что это, должно быть, какой-нибудь пассажир, опоздавший на станцию, машет, чтобы привлечь на себя внимание.
— М. И. Венюков, Путешествие в Китай и Японию, 1896