В данном слове ударение следует ставить на слог с последней буквой Е — недокомплЕкт.
Недокомпле́кт офицерского состава накануне войны составлял 3 тысячи человек, сборы запасников проводились в сокращённом объёме.
— В. А. Никонов, Крушение России. 1917, 2012
И недокомпле́кт был только в моей смене.
— Александра Стрельникова, Свет мой, зеркальце, скажи…, 2014
Я сняла кошку с плеча и стала вертеть в разные стороны, в поисках копытец и хвостика с кисточкой, но таковых не оказалось. Недокомпле́кт, видимо.
— Стэлла Соколова, Дурнушка Хана
На «Алмазе», как и на других кораблях «бизертской» эскадры, несмотря на значительный недокомпле́кт команды и целый ряд трудностей, командир и старший офицер пытались наладить обычную корабельную жизнь — с учениями, занятиями, ремонтом и другими видами работ по корабельному расписанию.
— Г. И. Зуев, От Вознесенского проспекта до реки Пряжи. Краеведческие расследования по петербургским адресам, 2014
Области, края и республики не поставляют продукцию смежным предприятиям; нарушается договорная дисциплина; недокомпле́кт и недопоставки стали обычным явлением.
— Р. И. Хасбулатов, Полураспад СССР. Как развалили сверхдержаву, 2011