В данном слове ударение должно быть поставлено на слог с первой буквой Я — молекулЯрная.
Конечно, молекуля́рная постройка живого, осуществлявшаяся наследственным кибернетическим механизмом, была невообразимо более сложной, подчиненной не только физикохимической избирательности, но и еще не разгаданной волновой ритмике.
— Иван Ефремов, Туманность Андромеды
Но должно еще принять во внимание, что астрономический анализ распространяет закон нашей солнечной системы и на все звездные системы, заполняющие небесные пространства, а молекуля́рная теория принимает его за причину самого образования тел и что мы имеем полное право почитать закон нашей системы общим едва ли не для всего мироздания; таким образом, эта точка зрения получает чрезвычайно важное значение.
— Петр Чаадаев, Философические письма
Его физика, заимствованная, впрочем, целиком у Демокрита, о котором Бэкон где-то отозвался как о единственном разумном физике древности, не стоит ниже воззрений на природу других естествоиспытателей его времени; что же касается его теории атомов[124], то, если очистить ее от метафизики, она в наше время, когда молекуля́рная философия сделалась столь положительной, далеко не будет казаться столь смешной, как ее находили.
— Петр Чаадаев, Философические письма