В данном слове ударения следует ставить на слог с буквой И и на слог с последней буквой О — мИкрофлОру.
Теперь поговорим о видовом составе организмов, составляющих ми́крофло́ру толстого кишечника.
— Н. А. Степанова, Дисбактериоз – причина 20 болезней, 2009
Он позволяет устранить патогенные бактерии, нормализовать ми́крофло́ру носовой полости и восстановить её защитные силы.
— Аграфена Тихонова, Мед. Как увеличить его пользу во много раз. Молитва соловецких чудотворцев, 2013
Дрожжеподобные микроорганизмы отвечают за здоровую ми́крофло́ру кишечника человека.
— В. Б. Зайцев, Лечение молочным грибом, 2008
Они содержат кислые аминокислоты, которые уничтожают патогенную ми́крофло́ру в желудке, нормализуют работу всего желудочно-кишечного тракта.
— Ольга Строганова, Система доктора Наумова. Как запустить механизмы исцеления и омоложения, 2014
Различают собственную и транзиторную ми́крофло́ру кожи.
— В. Б. Сбойчаков, Микробиология с основами эпидемиологии и методами микробиологических исследований, 2011