В данном слове ударения следует ставить на слог с буквой А и на слог с последней буквой У — мАкроструктУрой.
Строение древесины, видимое невооружённым глазом или при небольшом увеличении, называется ма́крострукту́рой, а видимое под сильным увеличением (микроскопом) – микроструктурой.
— Группа авторов, Справочник строительных материалов, а также изделий и оборудования для строительства и ремонта квартиры, 2009
Так, стекло обладает плотной ма́крострукту́рой, пеносиликат – ячеистой, пластики – слоистой, песок и гравий – рыхлозернистой.
— Илья Мельников, Неорганические вяжущие строительные материалы, 2011
Строение ствола дерева, видимое невооружённым глазом, называют ма́крострукту́рой.
— Илья Мельников, Столяр-плотник. Строение и свойства древесины, 2012
Один – мир психофизиологии, нейронов, тончайшей биохимии и электродинамики мозга, другой – мир смыслов (аналогичное противостояние наблюдается, к примеру, между микроструктурой генетического кода и ма́крострукту́рой биосистем).
— Андрей Пелипенко, Избранные работы по теории культуры, 2014
Считается, что деятельность имеет сложное иерархическое строение, называемое «ма́крострукту́рой деятельности».
— И. М. Румянцева, Психология речи и лингвопедагогическая психология, 2004