В данном слове ударение следует ставить на слог с последней буквой А — магистрАтом.
Однажды в январе мы, францисканцы, были собраны все перед магистра́том и обвинены согласно бумаге с печатью самого Тайко в нарушении их законов, нарушении их мира и приговорены к смерти через распятие.
— Джеймс Клавелл, Сегун
А с магистра́том мы можем попробовать договориться сами.
— Филип Пулман, Северное сияние
за палатой аль за магистра́том, аль, может, за голодной[273]?
— Всеволод Крестовский, Петербургские трущобы
Естественно, что в юбилейные Шиллеровские дни, весной 1905 года, первая достопримечательность чествовала вторую и последнюю достопримечательность города: на театре поставили торжественный спектакль, произнесли речи и направились опять-таки от театра к памятнику многолюдной, но чинной толпой, возглавляемой магистра́том и учеными обществами, для завершения празднества.
— Сигизмунд Кржижановский, Тринадцатая категория рассудка
Естественно, что в юбилейные Шиллеровские дни, весной 1905 года, первая достопримечательность чествовала вторую и последнюю достопримечательность города: на театре поставили торжественный спектакль, произнесли речи и направились опять-таки от театра к памятнику многолюдной, но чинной толпой, возглавляемой магистра́том и учеными обществами, для завершения празднества.
— Сигизмунд Кржижановский, Тринадцатая категория рассудка