В таком слове ударение должно быть поставлено на слог с первой буквой О — кОсточкой.
— И даже с ко́сточкой, обернутой в элегантные розовые салфеточки.
— Джозеф Хеллер, Уловка-22
Теперь я уже знала, что я не святая и не ангел, и не пуританская ханжа, и я чувствовала каждой ко́сточкой своего тела, что недалек тот день, когда я узнаю все, что нужно, о том, как два тела совершают любовный акт.
— Вирджиния Эндрюс, Цветы на чердаке
Катерина Александровна ко́сточкой согнутого пальца постучала в дверь спальни.
— Илья Ильф, Двенадцать стульев. Золотой теленок
И вот при этом-то общем испуге послышалось игривое постукивание в наружную дверь, словно камешком либо ко́сточкой: тик-так, тик-так!
— Валентин Костылев, Иван Грозный
– Да вот, как батька мой говорит: с важными господами вишен не ешь, как бы ко́сточкой глаза не вышибли.
— Дмитрий Мережковский, Сборник "Царство Зверя"