В таком слове ударение должно быть поставлено на слог с последней буквой А — каракалпАки.
Узбеки на востоке и северо-востоке, каракалпа́ки и казахи на северо-востоке тоже их соседи.
— Эдвард Аллворт, Россия: прорыв на Восток. Политические интересы в Средней Азии
Каракалпа́ки разделились на верхних и нижних.
— Н. Е. Бекмаханова, Присоединение Центральной Азии к Российской империи в XVIII–XIX вв., 2015
Когда кое-кто начал догадываться, что же произошло на самом деле, каракалпа́ки потихоньку стали уже покидать насиженные места и становиться кочевниками (это ещё в благословенное для народов советское время!).
— А. С. Варакин, Артефакты Российской истории, 2016
Потомки абаров, как считается, тоже ушли в горы — каракалпа́ки, часть аваров ушли в горы — дагестанские народы.
— Рамазан Абдулатипов, Российская нация. Этнонациональная и гражданская идентичность россиян в современных условиях, 2005
Узбеки, казахи, киргизы, туркмены, таджики, каракалпа́ки подвергались жесточайшей эксплуатации со стороны феодалов, несли тяготы многочисленных ханских налогов, поборов и повинностей, страдали от феодальных междоусобиц, войн, тормозивших развитие производительных сил края.
— Н. Е. Бекмаханова, Присоединение Центральной Азии к Российской империи в XVIII–XIX вв., 2015