В данном слове ударение следует ставить на слог с последней буквой О — кайнозОя.
Были отобраны пробы для дополнительных радиоуглеродных определений абсолютного возраста по ряду опорных литолого-фациальных разрезов позднего кайнозо́я прибрежно-шельфовой зоны.
— Коллектив авторов, Итоги МПГ 2007/08 и перспективы российских полярных исследований, 2013
Эти окаменевшие пласты были разрушены размывом и другими видами эрозий, были погружены вглубь земли и «переплавлены» метаморфизмом под воздействием высокого давления и температуры ещё задолго до наступления кайнозо́я (эры новой жизни).
— А. И. Белов, Тайная родословная человека. Загадка превращения людей в животных, 2012
У животных кайнозо́я, с наименьшим мозгом, показатели всё же превосходили рекордные показатели мезозоя, но средний размер мозга в мезозое был значительно больше, чему палеозойских образцов.
— Мэтт Ридли, Геном. Автобиография вида в 23 главах, 2000
Но то было на прошлой неделе, ещё в эпоху кайнозо́я.
— Владислав Пасечник, Модэ (сборник), 2013
Неровности глубоко погружённого фундамента палеозойского возраста покрыты многокилометровой толщей осадочных пород мезозоя, кайнозо́я, залегающих горизонтально.
— Г. С. Арутюнян, Контрольные работы по географии. 8 класс, 2009