В таком слове ударение следует ставить на слог с первой буквой И — зернохранИлища.
Придя однажды на склад в это время и узнав, что Хенчард занят развесом семян клевера и сурепицы на верхнем этаже зернохрани́лища, она поднялась туда.
— Томас Гарди, Мэр Кэстербриджа
Затем он поднялся по лестнице на верхний этаж зернохрани́лища.
— Томас Гарди, Мэр Кэстербриджа
Зернохрани́лища были забиты до отказа.
— Исай Калашников, Жестокий век
Зернохрани́лища, солеварни, склады и масличные точила важнее здесь, чем базилики.
— Антонин Ладинский, Когда пал Херсонес. Анна Ярославна - королева Франции
Посадив на корабли шестьсот воинов — это было все, что мог дать мне великий доместик, — погрузив военные припасы, сосуды с огнем Каллиника и двенадцать тысяч медимнов пшеницы на тот случай, если бы оказались пустыми зернохрани́лища осажденного города, и вознеся хвалу господу, сотворившему небо, землю и морские пучины, мы подняли паруса и проливом Георгия вышли в Понт Эвксинский.
— Антонин Ладинский, Когда пал Херсонес. Анна Ярославна - королева Франции