В указанном выше слове ударение следует ставить на слог с первой буквой Я — затоплЯется.
Неужели вся пойма затопля́ется во время весенних половодий?
— В. Г. Манягин, Хазары. Таинственный след в русской истории, 2010
Центральная часть материка затопля́ется, но всё ещё видна.
— Г. Р. Хаггард, Клеопатра, 1889
Оптимально, если колодец будет располагаться на возвышении, в месте, которое не затопля́ется во время весеннего таяния снега и сильных дождей, чтобы гарантировать инфильтрацию колодца загрязнённой водой с поверхности (Рис.
— Иван Никитко, Водоснабжение, канализация и отопление загородного дома, 2013
Кроме того, подобное может случиться, когда территория затопля́ется или заболачивается из-за проливных дождей.
— Рекс Миллер, Современный квартирный сантехник, 2005
Станция выстроена на низменном, болотистом месте; каждую весну оно всё затопля́ется водою, так что теперешние бараки заливает чуть не до потолка, — по крайней мере двери заливаются доверху.
— Г. И. Успенский, Поездки к переселенцам, 1886