В таком слове ударение должно быть поставлено на слог с первой буквой И — заИлится.
Не следует допускать попадания в водоём растительных остатков, иначе вода станет затхлой, дно заи́лится, в нём не будут расти водные растения.
— И. В. Оснач, «Живая земля». Биодинамическое земледелие – секрет изобилия на вашем участке, 2010
Она наносов натащит, всю слабость в земле покроет, а потом ещё земля заи́лится и сквозь неё много не просочится... Я природу знаю!
— А. П. Платонов, Свежая вода из колодца, 1939
Такие водоёмы лучше существуют, если имеют большой размер, ибо маленький быстро зацветёт или заи́лится.
— Анна Зорина, Строительство водоемов на участке своими руками, 2016
Если же им не пользоваться хотя бы пару месяцев, вода заи́лится и для полноценного функционирования водоёма придётся проводить полную его очистку и дезинфекцию.
— М. Р. Шевченко, Водоснабжение и электроснабжение на дачном участке, 2011
Если же им не пользоваться хотя бы пару месяцев, вода заи́лится и для полноценного функционирования источника придётся проводить полную его очистку и дезинфекцию.
— А. Г. Калинин, Справочник правильного полива для чудо-урожая