В данном слове ударения должны быть поставлены на слог со второй буквой Е и на слог с последней буквой Е — желЕзобактЕрии.
Желе́зобакте́рии встречаются практически везде.
— Е. А. Хохрякова, Фильтры для очистки воды, 2013
При этом происходит преобразование двухвалентного железа в трёхвалентное, которое сохраняется в желеобразной оболочке вокруг бактерии, при отмирании желе́зобакте́рии откладываются в виде вышеупомянутой слизи.
— Е. А. Хохрякова, Фильтры для очистки воды, 2013
Автотрофы — организмы, синтезирующие из неорганических веществ органические соединения с использованием энергии солнечного света (как фототрофы — растения, цианобактерии) или энергии, получаемой при окислении минеральных (неорганических) веществ (таких, как хемотрофы — серобактерии, желе́зобакте́рии и др.).
— Евгений Краснодембский, Общая биология. Пособие для старшеклассников и поступающих в вузы, 2008
Но за дело берутся непрошеные помощники — хемоавтотрофные желе́зобакте́рии.
— А. В. Марков, Рождение сложности. Эволюционная биология сегодня: неожиданные открытия и новые вопросы, 2015
Несмотря на всю её примитивность, она обладает известным преимуществом — желе́зобакте́рии практически не зависят от других живых существ.
— А. В. Марков, Рождение сложности. Эволюционная биология сегодня: неожиданные открытия и новые вопросы, 2015