В данном слове ударение должно быть поставлено на слог с первой буквой И — глубИнами.
Так беседовал он с сокровенными глуби́нами своей совести, наклонясь над краем того, что можно было назвать бездной его собственной души.
— Виктор Гюго, Отверженные
Из дальней дали, все ускоряя шаги, надвигался гром, малые вспышки на горизонте четко высвечивали очертания высоко громоздящихся туч, над иссиня-черными, как полночь, глуби́нами пенились ослепительно белые закрученные гребни.
— Колин Маккалоу, Поющие в терновнике
Было удивительно тихо и прозрачно; и в небе, и в воде, вверху и внизу одинаково сверкали золотые огоньки звезд, и казалось, что лодка плывет между двумя бездонными воздушными глуби́нами.
— Михаил Арцыбашев, Санин
Очень древняя, темная власть над дремлющими и неодолимыми глуби́нами души.
— Иван Ефремов, Лезвие бритвы
Беспросветно черные волны вздымались и опадали над неведомыми глуби́нами.
— Иван Ефремов, Туманность Андромеды