В данном слове ударения ставят на слог с буквой И и на слог с буквой Я — внутрИмолекулЯрные.
По мере старения в молекулах гиалуроновой кислоты возникают межмолекулярные и внутри́молекуля́рные сшивки, которые делают эту «сетку для воды» более жёсткой и менее проницаемой.
— Галина Меньшикова, Мимические упражнения для кожи и мышц лица
Дерево в основном состоит из целлюлозы; длинные полимерные цепи молекул целлюлозы (каждая содержит от 2500 до 3100 элементарных звеньев) закручены в спираль, жёсткость которой обеспечивают внутри́молекуля́рные водородные связи между гидроксильными группами –ОН.
— И. А. Леенсон, Занимательная химия для детей и взрослых, 2013
И оказалось, что эти внутриатомные и внутри́молекуля́рные пространства обладают нулевой плотностью и нулевой массой.
— Николай Мальцев, Бог и Вселенная. Философия науки и веры, 2014
Это было страшное оружие – оно генерировало поле, ослабляющее внутри́молекуля́рные связи, что позволяло преодолевать любые преграды – моледиссемблер рассекал стальной рельс, как лист картона.
— Роман Кузьма, Иррегулярный интеллект
Её нельзя переломить – ведь внутри́молекуля́рные связи обладают высочайшей прочностью.
— Гарри Гаррисон, К западу от Эдема. Зима в Эдеме. Возвращение в Эдем