В упомянутом выше слове ударение следует ставить на слог с третьей буквой И — аннигилИровать.
Они способны мгновенно растащить возникшую из квантовой «пены» пару частиц так, чтобы те не успели аннигили́ровать.
— Андрей Кананин, Нереальная реальность-3
Вот это-то сердце «соседи» со смежных территорий знания пытаются из литературоведения изъять — аннигили́ровать как ненужное, антинаучное, обветшавшее.
— И. Б. Роднянская, Движение литературы. Том I, 2006
Глядя, как исксолы один за другим шинкуются в металлолом, командир штурмовой группы «С» подумал, что надо было хоть раз в жизни плюнуть на приказ и сразу аннигили́ровать эту мерзкую тварь ещё на подходе.
— А. А. Пешков, Затерянные, 2008
Учтите, что уровень нашей цивилизации позволяет нам аннигили́ровать не только биологические организмы, но и любое ваше оружие, включая термоядерное, а также всю авиацию, включая частные самолёты и вертолёты.
— Э. В. Тополь, Астро. Любовник Кассиопеи, 2014
Поскольку вселенная уже не могла создавать новое вещество, все частицы и античастицы должны были разыскать друг дружку и аннигили́ровать.
— Дэйв Голдберг, Вселенная в зеркале заднего вида. Был ли Бог правшой? Или скрытая симметрия, антивещество и бозон Хиггса, 2013