В упомянутом выше слове ударение должно быть поставлено на слог с буквой И — аммонИйные.
Аммони́йные удобрения богаты свободными ионами аммония.
— А. С. Гаврилова, Ранние овощи на вашем огороде, 2013
В первую очередь к ним относятся соединения азота (нитраты, нитриты, органические и неорганические аммони́йные соединения), фосфора (ортофосфаты, полифосфаты, органические эфиры фосфорной кислоты и др.).
— Е. А. Хохрякова, Фильтры для очистки воды, 2013
Аммони́йные соединения в больших количествах входят в состав минеральных и органических удобрений, кроме того, аммони́йные соединения в значительных количествах присутствуют в нечистотах (фекалиях).
— Е. А. Хохрякова, Фильтры для очистки воды, 2013
Источником азота служат аммони́йные соединения, аминокислоты, пептиды, белки.
— В. Б. Сбойчаков, Микробиология с основами эпидемиологии и методами микробиологических исследований, 2011
Основными источниками неорганического азота являются аммони́йные соли и нитраты.
— Г. В. Ильина, Ксилотрофные базидиомицеты в чистой культуре, 2013