В данном слове ударение следует ставить на слог с последней буквой А — агрегАты.
Потом я стал отключать все агрега́ты – где-то отсоединял, где-то сливал, а где-то и подливал.
— Иэн Бэнкс, Осиная фабрика
Пройдя через различные агрега́ты комбайна, зерно превращалось в чистейшую муку и отруби, а солома размельчалась и прессовалась в маленькие брикеты, которые потом отправлялись как сырье на бумажные или химические фабрики.
— Григорий Адамов, Изгнание владыки. Роман. Рассказы
Внутренние агрега́ты возобновили прерванную работу, а снаружи за боковым окном завертелись узкие длинные крылья мотовила, пригибая к ножам хедера[5] сильные стебли пшеницы.
— Григорий Адамов, Изгнание владыки. Роман. Рассказы
Агрега́ты работали и управлялись почти автоматически.
— Григорий Адамов, Изгнание владыки. Роман. Рассказы
Но вот на одной площадке заухали, сотрясая землю, паровые кузнечные молоты, на другой загудели протяжно станки, засыпали искрами, на третьей зашипели сварочные агрега́ты.
— Анатолий Иванов, Вечный зов