В данном слове ударения следует ставить на слог с первой буквой А и на слог с последней буквой А — АвтокефАлии.
Еретики были возмущены церковной коррупцией (симонией), распространившейся в восточнорусских епархиях особенно после провозглашения а́втокефа́лии, и не желали иметь с епископами и священниками-мздоимцами общения в таинствах, а потому вообще переставали ходить в храмы.
— Коллектив авторов, История России. XX век. Как Россия шла к ХХ веку. От начала царствования Николая II до конца Гражданской войны (1894–1922). Том I, 2016
Между тем после достижения русской церковью а́втокефа́лии контакты русского духовенства с православным же, но нерусским стали почти «не нужны» и свелись к минимуму.
— Д. Е. Фурман, Избранное, 2011
Русское духовенство после достижения а́втокефа́лии не только не испытывает особой нужды общаться с греками, особого желания такого общения, оно просто не может этого, ибо греческого не знает почти никто.
— Д. Е. Фурман, Избранное, 2011
Прецедент существования автокефальных славянских церквей стал важнейшим аргументом в период обретения московской а́втокефа́лии.
— Коллектив авторов, Листая страницы сербской истории…, 2014
Уже тогда он высказывался о возможности рассмотрения вопроса об а́втокефа́лии.
— Жития русских святых. В 2 томах. Том 2: Сентябрь-февраль, 2011