В таком слове ударения следует ставить на слог с буквой Э и на слог с буквой И — ЭктопаразИтов.
Но разве список э́ктопарази́тов на этом закончился?
— Александр Соколов, Странная обезьяна. Куда делась шерсть и почему люди разного цвета, 2020
Дезакаризацию и профилактическую дезинфекцию проводят для уничтожения э́ктопарази́тов, а также их яиц, личинок и нимф, чтобы не допустить массового размножения и расселения насекомых и клещей на фермах в тёплое время года.
— Группа авторов, Справочник ветеринарного специалиста
Ко времени возможного нападения клещей и насекомых на животных организуют обработку их кожных покровов для предотвращения нападения э́ктопарази́тов и их уничтожения.
— Группа авторов, Справочник ветеринарного специалиста
Определяют характер линьки, выявляют наличие э́ктопарази́тов, аптериоз, алопецию, изменение цвета пера, его обламывание, степень упругости и прочие отклонения, разрушение опахала.
— Илья Мельников, Если попугай заболел, 2011
Перо на наличие микозных поражений, э́ктопарази́тов необходимо исследовать в том случае, если у птицы отмечают зуд.
— Илья Мельников, Если попугай заболел, 2011