В данном слове ударение следует ставить на слог с последней буквой И — шишковИдное.
Шишкови́дное тело является железой внутренней секреции.
— Коллектив авторов, Оперативные доступы в нейрохирургии. Том 1. Голова, 2014
Выше задней спайки находится основание эпифиза, в которое внедряется небольшое шишкови́дное углубление — recessus pinealis.
— Коллектив авторов, Оперативные доступы в нейрохирургии. Том 1. Голова, 2014
Эпифиз (шишковидная железа, шишкови́дное тело, пинеальная железа) — непарное образование шарообразной формы, расположенное глубоко под полушариями головного мозга.
— С. В. Филатова, Лечение болезней щитовидной железы традиционными и нетрадиционными способами, 2010
Согласно последним биологическим исследованиям, эпифиз, или шишкови́дное тело, является частью фотонейроэндокринной системы.
— Ю. С. Попова, Женские гормональные заболевания. Самые эффективные методы лечения, 2009
Эндокринную систему представляют железы внутренней секреции: гипоталамус, гипофиз, шишкови́дное тело (эпифиз), щитовидная железа, вилочковая железа, островковый аппарат поджелудочной железы, яичник (у женщин), яичко (у мужчин), надпочечники, паращитовидные железы.
— А. В. Богданова, Лечение без гормонов. Минимум химии – максимум пользы, 2010