В таком слове ударение должно быть поставлено на слог с последней буквой О — чернокОрень.
ПОЛИАРТРИТЫ. Берёза повислая, бузина чёрная, череда трехраздельная, черноко́рень.
— Алевтина Корзунова, Морозник, 2013
В список опасных растений включены мать-и-мачеха, огуречная трава, окопник лекарственный, калужница болотная, черноко́рень и ряд других.
— Юрий Константинов, Мать-и-мачеха от ста болезней, 2013
Давайте же поближе познакомимся с ним и вместе с вами раскроем секреты, которые таит в себе черноко́рень.
— Алевтина Корзунова, Чернокорень – путь к светлой жизни, 2013
Черноко́рень, так же как и многие лекарственные растения, содержит ряд витаминов.
— Алевтина Корзунова, Чернокорень – путь к светлой жизни, 2013
Не следует использовать черноко́рень беременным, кормящим матерям, а также людям, обладающим повышенной чувствительностью к каким-либо химическим и биологическим веществам.
— Алевтина Корзунова, Чернокорень – путь к светлой жизни, 2013