В таком слове ударение следует ставить на слог с последней буквой У — субститУцию.
Именно здесь мы обнаруживаем центральную субститу́цию традиционных формул.
— Коллектив авторов, Конфессия, империя, нация. Религия и проблема разнообразия в истории постсоветского пространства, 2012
Аналогичную субститу́цию встречаем и по отношению к гласным е и и, причём е часто передаётся посредством и (3 б, г, д, е, ж, 9 б, е, 16 е), а гласный и через е (2 б, г, е, ж, 13 б, г, д, е, ж).
— Коллектив авторов, Проблемы изучения билингвизма: книга для чтения, 2014
После издания знаменитого статута Quia Emptores, как известно, узаконившего земельную субститу́цию, преемники получивших земельные лены королевских слуг, оставаясь лояльными короне, вынужденно искали поддержки среди более обеспеченных и влиятельных местных лордов и подчас становились активными участниками их свит, благо такие связи вполне допускались.
— Коллектив авторов, Королевский двор в Англии XV–XVII веков, 2015