В таком слове ударение следует ставить на слог с последней буквой О — самоплОдный.
Сорт самопло́дный, плоды идут в основном на переработку.
— Н. М. Звонарев, Слива, терн, алыча... Сорта, выращивание, календарь садовых работ, 2010
Частично самопло́дный (лучшие опылители — Молодёжная, Тургеневка).
— О. А. Ганичкина, Новая энциклопедия садовода и огородника. Издание дополненное и переработанное, 2015
Самопло́дный высокоурожайный сорт позднего срока созревания, начинает плодоносить на 3 — 4-й год после посадки, способен давать урожай до 13 — 15 лет.
— Г. В. Полякова, Чудо-урожай. Большая энциклопедия сада и огорода, 2014
Старый американский самопло́дный сорт с аркообразными высокими шиповатыми побегами.
— Г. В. Полякова, Чудо-урожай. Большая энциклопедия сада и огорода, 2014
Сорт среднерослый, высокоурожайный, час тично самопло́дный, высокозимостойкий.
— О. А. Ганичкина, Справочник умелого садовода, 2014