В таком слове ударение должно быть поставлено на слог с первой буквой А — мочковАтая.
Корневая система разветвлённая, мочкова́тая, залегающая ближе к поверхности почвы, чем у груши лесной.
— Г. А. Серикова, Прививка плодовых деревьев: распространенные ошибки и секреты успешной прививки, 2011
Корневая система земляники мочкова́тая, разветвлённая, хорошо развитая.
— В. А. Щекин, Земляника на вашем участке, 2008
Корневая система разветвлённая, мочкова́тая. Глубина залегания корней 10–30 см.
— А. М. Селиванов, Редкие растения в вашем саду, 2013
Корневая система мочкова́тая, сильно ветвящаяся.
— О. А. Ганичкина, Новая энциклопедия садовода и огородника. Издание дополненное и переработанное, 2015
За одно лето прирост большинства сеянцев достигает 30 — 50 см, развивается хорошая мочкова́тая корневая система.
— О. А. Ганичкина, Новая энциклопедия садовода и огородника. Издание дополненное и переработанное, 2015