В данном слове ударение должно быть поставлено на слог с последней буквой О — менингокОкк.
Менингоко́кк — представитель рода Neisseria, аэробный грамотрицательный диплококк.
— С. А. Кочнева, Полный справочник невропатолога.
При неспособности организма к локализации микроба в носоглотке, менингоко́кк проникает через слизистую оболочку в кровь.
— С. А. Кочнева, Полный справочник невропатолога.
Одни бактерии имеют круглую форму — их называют кокками (стафилококк, пневмококк, стрептококк, менингоко́кк, гонококк), другие — удлинённую, их называют палочками (дизентерийная палочка, коклюшная, кишечная).
— Е. О. Комаровский, ОРЗ: руководство для здравомыслящих родителей, 2016
Так, дизентерийная палочка находит оптимальные для себя условия в определённом отделе толстого кишечника, возбудитель коклюша — в клетках эпителия дыхательных путей, менингоко́кк (возбудитель менингита) — в оболочках головного мозга.
— Е. О. Комаровский, ОРЗ: руководство для здравомыслящих родителей, 2016